Vào ngày 4 tháng 7 năm 2016, sứ mệnh Juno đã thiết lập quỹ đạo quanh Sao Mộc, trở thành tàu vũ trụ thứ hai trong lịch sử làm điều đó (sau tàu thăm dò Galileo). Kể từ đó, tàu thăm dò đã ở trong quỹ đạo 53,4 ngày thông thường (được gọi là perijove), di chuyển giữa các cực để tránh điều tồi tệ nhất của vành đai bức xạ. Ban đầu, các nhà khoa học nhiệm vụ Juno, đã hy vọng giảm quỹ đạo của nó xuống chu kỳ 14 ngày để tàu thăm dò có thể thực hiện nhiều đường chuyền hơn để thu thập nhiều dữ liệu hơn.
Để làm điều này, Juno đã được lên kế hoạch cho một vụ cháy động cơ vào ngày 19 tháng 10 năm 2016, trong cuộc diễn tập perijovian thứ hai của nó. Thật không may, một lỗi kỹ thuật đã ngăn điều này xảy ra. Kể từ đó, nhóm nhiệm vụ đã rót dữ liệu về nhiệm vụ để xác định điều gì đã xảy ra và liệu họ có thể tiến hành đốt động cơ vào một ngày sau đó hay không. Tuy nhiên, nhóm nhiệm vụ hiện đã kết luận rằng chiến thắng này có thể xảy ra.
Sự cố kỹ thuật ngăn chặn vụ cháy diễn ra vài tuần trước khi vụ cháy động cơ dự kiến diễn ra, và được truy tìm đến hai trong số các van kiểm tra khí helium của động cơ. Sau khi hệ thống đẩy được điều áp, các van mất vài phút để mở - trong khi chúng chỉ mất vài giây trong quá trình đốt cháy động cơ trước đó. Bởi vì điều này, các nhà lãnh đạo nhiệm vụ đã chọn hoãn việc bắn cho đến khi họ có thể hiểu rõ hơn về lý do tại sao sự cố xảy ra.
Và sau khi đổ dữ liệu về nhiệm vụ từ vài tháng trước và thực hiện các tính toán về khả năng cơ động, nhóm khoa học Juno đã đi đến kết luận rằng một vụ cháy động cơ có thể phản tác dụng vào thời điểm này. Như Rick Nybakken, người quản lý dự án Juno tại Phòng thí nghiệm sức đẩy phản lực của NASA (JPL), đã giải thích trong một thông cáo báo chí gần đây của NASA:
Sau khi xem xét kỹ lưỡng, chúng tôi đã xem xét nhiều kịch bản sẽ đưa Juno vào quỹ đạo trong thời gian ngắn hơn, nhưng có lo ngại rằng một vụ cháy động cơ chính khác có thể dẫn đến một quỹ đạo ít hơn mong muốn. Điểm mấu chốt là một vết bỏng thể hiện nguy cơ hoàn thành các mục tiêu khoa học của Juno.
Tuy nhiên, đây không hẳn là tin xấu cho nhiệm vụ. Nó có quỹ đạo perijove hiện tại đưa nó từ cực này sang cực kia, cho phép nó vượt qua đỉnh mây ở khoảng cách khoảng 4.100 km (2.600 mi) ở gần nhất. Ở xa nhất, tàu vũ trụ đạt khoảng cách 8,1 triệu km (5,0 triệu dặm) từ người khổng lồ khí, nơi đặt nó vượt xa quỹ đạo của Callisto.
Trong mỗi lần vượt qua, tàu thăm dò có thể đạt cực đại bên dưới những đám mây dày để tìm hiểu thêm về bầu khí quyển hành tinh, cấu trúc bên trong, từ quyển và sự hình thành. Và trong khi thời gian quỹ đạo 14 ngày sẽ cho phép nó tiến hành 37 quỹ đạo trước khi nhiệm vụ của nó được lên kế hoạch, thời gian 53,4 ngày hiện tại của nó sẽ cho phép thu thập thêm thông tin trên mỗi lần đi qua.
Và như Thomas Zurbuchen, quản trị viên liên kết của Ban Giám đốc Sứ mệnh Khoa học NASA tại Washington, đã tuyên bố:
Mạnh Juno khỏe mạnh, các dụng cụ khoa học của nó hoạt động đầy đủ, và dữ liệu và hình ảnh chúng tôi nhận được không có gì đáng kinh ngạc. Quyết định từ bỏ vết bỏng là điều nên làm - bảo quản một tài sản có giá trị để Juno có thể tiếp tục hành trình khám phá thú vị của mình.
Trong khi đó, nhóm khoa học Juno vẫn đang phân tích lợi nhuận từ bốn con ruồi trước đó của Juno - diễn ra vào ngày 27 tháng 8, ngày 19 tháng 10, ngày 11 tháng 12 và ngày 2 tháng 2 năm 2017. Với mỗi lần vượt qua, nhiều thông tin được tiết lộ về hành tinh từ trường hành tinh, cực quang và sự xuất hiện của dải. Cuộc diễn tập tiếp theo của perijovian sẽ diễn ra vào ngày 27 tháng 3 năm 2017 và sẽ dẫn đến nhiều hình ảnh và dữ liệu được thu thập.
Trước khi nhiệm vụ kết thúc, tàu vũ trụ Juno cũng sẽ khám phá sao Mộc từ xa, từ trường phía nam và từ trường của nó. Nhiệm vụ cũng đang tiến hành một chương trình tiếp cận với JunoCam, được hướng dẫn với sự hỗ trợ của công chúng. Mọi người không chỉ có thể bình chọn về những tính năng mà họ muốn chụp ảnh với mỗi lần bay, mà những hình ảnh này còn có thể truy cập được đối với các nhà khoa học công dân thành phố và các nhà thiên văn nghiệp dư.
Theo kế hoạch ngân sách hiện tại, Juno sẽ tiếp tục hoạt động đến hết tháng 7 năm 2018, thực hiện tổng cộng 12 quỹ đạo khoa học. Tại thời điểm này, chặn một phần mở rộng nhiệm vụ, tàu thăm dò sẽ bị mất quỹ đạo và bốc cháy trong bầu khí quyển bên ngoài của Sao Mộc. Như với Galileo tàu vũ trụ, điều này sẽ tránh được mọi khả năng tác động và ô nhiễm sinh học với một trong những mặt trăng của Sao Mộc.
